Bolnišnica je sanacijska sredstva potrebovala zaradi akumuliranega minusa iz preteklih let. Tega je bilo konec leta 2016 za 3,85 milijona evrov, država pa je s sanacijo krila 80 odstotkov tega minusa. Ministrstvo za zdravje je v letu 2017 za zagotovitev finančne stabilnosti inštituta namenilo okoli 3 milijone evrov sredstev.
Skupni prihodki inštituta so sicer znašali nekaj več kot 108,5 milijona, skupni odhodki pa 104,9 milijona evrov. Največji delež prihodkov predstavljajo sredstva od zdravstveni storitev, največ - 65 odstotkov iz naslova obveznega zdravstvenega zavarovanja, skoraj polovica vseh odhodkov pa je bila namenjena stroškom materiala, blaga in storitev.
Na Onkološkem inštitutu zagotavljajo, da za prve preglede, kontrolne preglede in konziliarne preglede nimajo čakalnih vrst. Bolniki so redno pregledani v 14 dneh. Bolnika s sumom raka oz. če mu je rak potrjen, pa pregledajo takoj.
Na tistih področjih, kjer je zdravljenje odvisno predvsem od človeškega faktorja, denimo pri uvedbi sistemske terapije, si prizadevajo, da bolnike začnejo čim prej zdraviti. So pa omejeni s tehnologijo in v primeru izpada katerega od aparatov pri radiologiji, s katerim na dan obsevajo 50 ljudi, težko obvladujejo čakalne dobe.
Kljub izpadom enega obsevalnega aparata iz uporabe v lanskem letu so skrajšali čakalni čas za začetek obsevanja. Tako bolniki sedaj v povprečju čakajo približno štiri tedne, odvisno od indikacije.
Na področju radiologije si prizadevajo, da bi v Univerzitetnem kliničnem centru Maribor, kjer tudi imajo obsevalnike, prevzeli več bolnikov.